Los sistemas deben ser manejados como una unidad única e integrada por su: elevada productividad, su gran movilidad e interdependencia y su relación con las áreas terrestres. Los principios relativos al caracter público de las costas, los océanos y del uso de sus recursos se cimientan en el acceso de dominio público a los recursos costeros y oceánicos. Por ello el manejo debe regirse por la ética, justicia e igualdad entre todos los usuarios, y por la prioridad de proteger, en situaciones de conflictos irreconciliables, los recursos biológicos y sus hábitats por encima de la explotación de los recursos no biológicos y no renovables.

El desarrollo sostenible de las costas y los océanos busca la maximización de los beneficios económicos, sociales y culturales que pueden reportar estos ecosistemas sin que se pongan en entredicho su salud y productividad.

Este desarrollo se basa en que el manejo de estas áreas debe ser un esfuerzo de cooperación entre todas las partes interesadas. Adicionalmente, se rige por los principios sobre el manejo integrado de todas las actividades que se realizan en o afectan a las costas y a los océanos. En las zonas costeras y oceánicas a menudo confluyen múltiples usuarios y organismos gubernamentales de distintos niveles (por ejemplo nacional, provincial y local); y en el caso de mares compartidos, las costas y océanos son además lugares de interacción con otras naciones.

También se ven afectados por temas sobre tierras y aguas dulces, por lo que su manejo exige conocimientos propios de distintas disciplinas. Por este motivo, un elemento central del manejo costero y oceánico integrado es la integración de las siguientes dimensiones: intersectorial, intergubernamental, espacial, científica e internacional (Cicin-Sain y Knecht, 1998).