В соответствии с просьбой Генерального секретаря ООН функции Секретариата Совета выполняет ЮНЕСКО. Секретариат оказывает Совету содействие в подготовке докладов, рекомендаций и связанных с ними документов, осуществляет координацию работы по информированию общественности и предоставляет другие технические услуги в случае необходимости.
Секретариат также организует обмен информацией и консультации, а также координацию деятельности Совета с Канцелярией Генерального секретаря ООН и соответствующими учреждениями системы ООН через их специальных координаторов. Координаторов по связи с НКС назначили следующие организации: ФАО, МСЭ, ЮНЭЙДС, МСУОБ, ЮНЕП, ЮНИДО, ВОЗ,ВОИС, ВМО.
Связаться с Секретариатом Научно-консультативного совета при Генеральном секретаре ООН можно по следующему адресу: sab-secretariat@unesco.org