La Oficina de la UNESCO en Quito enmarca sus programas, proyectos y actividades en la: Estrategia a Plazo Medio 2008-2013 de la Organización.
Conforme a esta estrategia, la misión de UNESCO-Quito es contribuir en los países a los que representa (Bolivia, Colombia, Ecuador y Venezuela) como organismo especializado del Sistema de Naciones Unidas a la construcción de la paz, la erradicación de la pobreza, el desarrollo sostenible y el diálogo intercultural mediante la Educación, las Ciencias, la Cultura, y la Comunicación e Información.
Correspondiente a esta estrategia, la UNESCO ha definido ciertas prioridades sobre las cuales debe guiar su programa de trabajo desde sus cinco sectores. La prioridades específicas para la Oficina de la UNESCO en Quito son las siguientes: