Madagascar a rejoint l’UNESCO le 10 novembre 1960 et dépend du bureau de l’Organisation de Dar es Salaam (Tanzanie).
L’UNESCO et Madagascar travaillent ensemble sur le programme Education pour tous, dans le pays. L’accent est mis sur l’alphabétisation et l’éducation non formelle. Madagascar participe à l’Initiative pour la formation des enseignants en Afrique subsaharienne (TTISSA).
Le pays travaille aussi étroitement avec l’UNESCO pour préserver son héritage naturel et culturel. Madagascar possède trois sites inscrits sur la Liste du patrimoine mondial. Les forêts humides d’Atsinanana, riches en biodiversité, ont été inscrites en 2007.
Le savoir-faire du travail du bois des Zafimaniry a été proclamé Chef-d’œuvre du patrimoine oral et immatériel de l’humanité en 2003. En 2007, les fonctionnaires ont assisté à un atelier de travail à Antananarivo pour pouvoir faire un inventaire du patrimoine immatériel de Madagascar.