L’Estonie a rejoint l’UNESCO le 14 octobre 1991.
Le pays collabore avec l’UNESCO sur plusieurs projets dans le domaine de l’éducation. Il possède une Chaire UNESCO en Etudes de l’éducation civique et multiculturelle.
L’UNESCO et l’Estonie travaillent ensemble pour développer le tourisme national et ouvrir le dialogue interculturel dans la région de la Baltique. Le projet « Tourisme culturel dans les pays baltes» a été lancé en 2002.
Le centre historique de Tallinn, la capitale estonienne, a été inscrit sur la Liste du patrimoine mondial de l’UNESCO en 1997, comme un exemple remarquable d’une cité médiévale commerciale d’Europe du Nord.
L’Estonie a deux Chefs-d’œuvre du patrimoine oral et immatériel de l’humanité : l’espace culturel de Kihnu et les célébrations de chants et de danses baltes (avec la Lettonie et la Lituanie).