El Salvador a rejoint l’UNESCO le 28 avril 1948.
En 2007, sous les auspices du programme de l’UNESCO L’homme et la biosphère, le pays a acquis ses premières réserves de biosphère : Apaneca-Llamatepec, un écosystème clé, important du point de vue de son potentiel pour la production durable de café et la recherche de terrain ; et Xiriualtique Jiquilisco, la plus grande étendue du pays de mangroves.
Dans sa coopération avec l’UNESCO, El Salvador s’investit dans la revitalisation de la « Convention régionale sur la reconnaissance des études, des diplômes et des grades en Amérique latine et dans les Caraïbes » et a accueilli une réunion intergouvernementale à San Salvador en 2006.
Le site archéologique Joya de Ceren est inscrit sur la liste du patrimoine mondial depuis 1993. Cette communauté agricole préhispanique a été ensevelie et préservée par une éruption volcanique vers 600.
Le projet « Musées et communautés pour le développement en Amérique centrale » de l’UNESCO aide à redynamiser la production de poterie noire de la communauté des Guatajiagüa.