L’Indonésie a adhéré à l’UNESCO le 27 mai 1950. Le bureau multipays de l’UNESCO, situé à Jakarta, sert aussi de Bureau régional pour la science.
La campagne internationale pour la sauvegarde de Borobudur illustre la collaboration réussie entre l’Indonésie et l’UNESCO. Cet ambitieux projet (1972-1983) a permis de restaurer le sanctuaire négligé de Borobudur (8e et 9e siècles), un vaste monument du bouddhisme mahayana en forme de mandala pyramidal. Le site de Borobudur a été inscrit sur la liste du Patrimoine mondial en 1991 ; six biens ont été ajoutés depuis. De plus, le théâtre de marionnettes wayang et le Kris indonésien ont été proclamés Chefs-d’œuvre du patrimoine oral et immatériel.
La coopération récente avec l’UNESCO concerne la reconstruction des stations de radio à Aceh et la réouverture de Radio Nikoya, entièrement détruite par le tsunami en 2004. L’UNESCO aide aussi à reconstruire la bibliothèque d’Aceh et à monter un centre culturel et de communication.
En tant que bénéficiaire du Programme de l’UNESCO pour la sauvegarde et le rétablissement du patrimoine culturel matériel et immatériel post-tsunami d’Aceh, six livres pour enfants, basés sur le folklore d’Aceh, ont été lancés en juillet 2007.