Le Panama est devenu un Etat membre de l’UNESCO le 10 janvier 1950. Le pays dépend du bureau de l’UNESCO de San José, au Costa Rica.
En mai 2003, le Panama, qui possède le plus important canal interocéanique du monde ainsi qu’un patrimoine subaquatique extrêmement riche, a été le premier pays à ratifier la Convention de l’UNESCO sur la protection du patrimoine culturel subaquatique.
En reconnaissance de « la collaboration stratégique avec le Panama, qui a permis de mener à bien d’importants programmes et projets nationaux », la Délégation permanente du Panama a remis, en juillet 2004, l’Ordre de Vasco Nuñéz de Balboa au Directeur Général de l’UNESCO, Koïtchiro Matsuura. C’est la plus haute distinction qu’un étranger peut recevoir de la part des autorités panaméennes.
Situé dans la ville de Panama, le Centre pour la gestion de l’eau en Amérique Latine et Caraïbes (CATHALAC), qui promeut la gestion appropriée des ressources en eau, est placé sous les auspices de l’UNESCO.
Le Directeur-Général de l’UNESCO, Koïtchiro Matsuura, a effectué une visite officielle au Panama en mars 2004.