El Consejo organiza también reuniones extraordinarias periódicas, cuya finalidad consiste en abordar situaciones mundiales de crisis o emergencia en materia de desarrollo, concienciar sobre ellas y servir como plataforma normativa de alto nivel para coordinar la labor de los agentes que trabajan en situaciones específicas con el fin de desarrollar una respuesta estratégica.
En estas reuniones extraordinarias se han abordado situaciones de emergencia de salud pública a nivel mundial, entre ellas, los brotes de síndrome respiratorio agudo severo (SRAS) en 2003, gripe aviar, en 2005, y ébola en 2014.Asimismo, el ECOSOC ha celebrado reuniones extraordinarias sobre situaciones de emergencia relacionadas con aspectos económicos, como las crisis de alimentos en África, en 2005, y la crisis mundial de alimentos en 2008.
El Consejo fue el primer órgano intergubernamental en dedicar una reunión extraordinaria a congregar a todas las partes interesadas para examinar las recomendaciones normativas formuladas a los gobiernos acerca del modo de mitigar la crisis mundial de alimentos. La reunión contó con la participación del Presidente de la Asamblea General y el Presidente del Consejo de Seguridad. El ECOSOC analiza asimismo cuestiones relacionadas con la ciberdelincuencia y la seguridad de manera continua, como ya hizo, por ejemplo, en 2011 y 2013. Los desastres naturales, como las inundaciones registradas en Mozambique en 2000, el sunami que tuvo lugar en el océano Índico en 2004, el devastador terremoto ocurrido en Haití en 2010 y el tifón Haiyan que asoló Filipinas en 2013, también fueron objeto de debate en el Consejo, con el fin de poner de relieve sus consecuencias para el desarrollo sostenible y promover, al mismo tiempo, la adopción de medidas coordinadas de apoyo a los países afectados. .