Otro de los pilares del programa son los Centros sobre recursos hídricos auspiciados por la UNESCO, denominados Categoría II y las Cátedras UNESCO en temáticas específicas relacionadas con los recursos hídricos en el ámbito universitario.

Los centros sobre recursos hídricos bajo los auspicios de la UNESCO trabajan en prioridades temáticas y geográficas pertinentes en sus ámbitos de especialización, en América Latina y el Caribe. Estos son:

• CAZALAC (Chile) - Centro del Agua para Zonas Áridas y Semiáridas de América Latina y el Caribe
• CIH (Brasil-Paraguay) - Centro Internacional de Hidroinformática
• HidroEx (Brasil) - Centro Internacional de Enseñanza, Desarrollo de Capacidades e Investigación Aplicada sobre los Recursos Hídricos
• CEHICA (República Dominicana) - Centro para la Gestión Sostenible de los Recursos Hídricos en los Estados Insulares del Caribe
• CeReGAS (Uruguay)- Centro Regional para la Gestión de Aguas Subterráneas
• Centro Regional sobre la Gestión del Agua en Zonas Urbanas de América Latina y el Caribe