理事会还定期举行特别会议,旨在应对全球性发展突发事件或危机,提高认识,并作为一个高级别的政策平台,在应对某一特定状况的各方行为体间进行协调,以制定战略应对举措。
这些特别会议所应对的全球性公共卫生紧急状况包括2003年爆发的严重急性呼吸系统综合征、2005年爆发的禽流感和2014年爆发的埃博拉病毒。经社理事会还举办了专门探讨2005年非洲粮食危机和2008年全球粮食危机等与经济有关的紧急状况的特别会议。
经社理事会是第一个聚集所有利益攸关方,召开特别会议的政府间机构,旨在考虑向政府提出关于如何缓解全球粮食危机的政策建议。大会主席及安全理事会主席都参与了此次会议。理事会也一直在考虑与网路犯罪和安全相关的事项,包括2011年和2013年出现的问题。理事会还讨论了一些自然灾害事件,包括2000年莫桑比克洪水、2004年印度洋海啸、2010年海地特大地震和2013年菲律宾台风海燕,旨在让大家关注自然灾害对可持续发展的影响,同时推进协同行动,为受影响的国家提供支助。