Le Conseil organise aussi régulièrement des réunions extraordinaires pour faire face à des situations d'urgence et des crises spécifiques qui portent atteinte au développement mondial, sensibiliser l'opinion et définir des orientations politiques à un haut niveau élevé afin de coordonner l’action menée par les parties prenantes en mettant en place un plan d'intervention stratégique.
Ces réunions ont été consacrées à des situations d'urgence sanitaire publique internationale, notamment à l'apparition du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) en 2003, de la grippe aviaire en 2005 et du virus Ebola en 2014. Le Conseil économique et social a également consacré des réunions extraordinaires à des situations d'urgence économique, notamment aux crises alimentaires qui ont éclaté en Afrique en 2005, et à la crise alimentaire mondiale survenue en 2008.