تساهم الأمانة العامة للأمم المتحدة، ووكالات الأمم المتحدة، وصناديقها، وبرامجها، والمنظمات المرتبطة بها، في تنفيذ استراتيجية الأمم المتحدة العالمية لمكافحة الإرهاب، سواء في إطار ولاية كل منها، وبحكم عضويتها في فرقة العمل المعنية بالتنفيذ في مجال مكافحة الإرهاب.
والهدف الرئيسي لفرقة العمل التي تتألف من 38 كياناً دولياً، والإنتربول، هو الاستفادة إلى أقصى حد من الميزة النسبية لكل كيان، وذلك بتوحيد أدائها من أجل مساعدة الدول الأعضاء في تنفيذ الركائز الأربع للاستراتيجية العالمية.
وفي عام 2014، أُعيد تنشيط الأفرقة العاملة المشتركة بين الوكالات والتابعة لفرقة العمل، من أجل تحسين كفاءتها، والتركيز على الحصول على نتائج ملموسة. وتعكس المواضيع التي كُرست لها هذه الأفرقة مجالات الأولوية الرئيسية لاستراتيجية الأمم المتحدة العالمية لمكافحة الإرهاب. وتتولى الأفرقة العاملة وضع ممارسات فضلى ومشاريع لبناء القدرات في المجالات التي يمكن أن يضيف فيها التعاون بين الجهات الفاعلة في منظومة الأمم المتحدة قيمة إلى تنفيذ الاستراتيجية.
وهناك في الوقت الحاضر 11 فريقاً عاملاً مواضيعيا معنية بما يلي:
1 - إدارة الحدود وإنفاذ القانون فيما يتصل بالظروف المحيطة بمكافحة الإرهاب والتي تفضي إلى انتشار الإرهاب
2 - الظروف التي تفضي إلى انتشار الإرهاب
4 - المقاتلون الإرهابيون الأجانب
5 - الاستراتيجيات الوطنية والإقليمية لمكافحة الإرهاب
6 - منع الهجمات الإرهابية بأسلحة الدمار الشامل والتصدي لها
8 - حماية حقوق الإنسان وسيادة القانون في سياق مكافحة الإرهاب
9 - حماية الهياكل الأساسية الحيوية، بما في ذلك شبكة الإنترنت، والأهداف المعرَّضة للخطر، وأمن السياحة