Malta ingresó en la UNESCO el 10 de febrero de 1965.
Este país participa en varios programas de la UNESCO relacionados con el medio ambiente, la protección de los mares y los océanos y la educación técnica y superior.
Malta también participa en el Proyecto Ambiental del Mar Mediterráneo Sudoriental (SEMEP), iniciado en 1995. El principal objetivo de este proyecto es sensibilizar a los jóvenes en temas relacionados con el medio ambiente y el patrimonio regional común.
La Campaña Internacional para la Salvaguardia de los Monumentos Históricos y los Sitios de Malta, lanzada en 1980 y que finalizó en el 2000, dio como resultado la restauración del famoso Hipogeo de Hal Saflieni. Este enorme laberinto subterráneo que se excavó hacia el 2500 a.C. se incorporó en la Lista del Patrimonio Mundial en 1980. Otro sito, los Templos Megalíticos de Malta, se encuentran en la actualidad en peligro debido al cambio climático. Se están estudiando medidas para mitigar el impacto negativo.
En el ámbito de la educación, Malta participa en el proyecto AVICENNA, que fomenta el uso de las TIC en las instituciones de enseñanza a distancia en la región euromediterránea. Su capital fue la sede de la VI Reunión del Comité Intergubernamental responsable de la aplicación del Convenio de Convalidación de Estudios, Títulos y Diplomas de Educación Superior en los Estados Árabes y los Estados Europeos ribereños del Mediterráneo.