Bosnia y Herzegovina ingresó en la UNESCO el 2 de junio de 1993. Este país participa activamente en el proceso para reforzar la cooperación en el Sudeste de Europa.
La Organización llevó a cabo una amplia campaña internacional para asegurar la financiación de la reconstrucción del Puente Viejo (Stari Most), que fue destruido en 1993, y del centro histórico de Mostar. El puente, reconstruido según los métodos del siglo XVI, se inauguró en una ceremonia en 2004, a la que asistieron numerosos jefes de Estado y ministros europeos. En julio de 2005, el barrio del Puente Viejo en el casco antiguo de Mostar, fue declarado Patrimonio Mundial.
Entre las actividades realizadas tras el conflicto en este país, la UNESCO también ha rehabilitado y reconstruido un gran número de centros escolares por todo el país. Además, se ha realizado un particular esfuerzo de reconstrucción en aquellas regiones donde se produjeron grandes migraciones de personas, con el fin de fomentar el regreso de los refugiados.