Estonia ingresó en la UNESCO el 14 de octubre de 1991.
En el ámbito de la educación, este país coopera con la UNESCO en varios proyectos. Además, Estonia cuenta con una Cátedra UNESCO en Estudios de Educación Cívica y Educación Multicultural.
Por otra parte, la Organización y Estonia trabajan juntos para desarrollar el turismo nacional y abrir el diálogo intercultural en la región báltica. En 2002, se llevó a cabo el proyecto "Turismo cultural en los países bálticos".
El centro histórico de Tallin, la capital estonia, se incorporó a la Lista del Patrimonio Mundial de la UNESCO en 1997, puesto que es un extraordinario ejemplo de ciudad medieval comercial de Europa del Norte.
Estonia posee dos Obras Maestras del Patrimonio Oral e Inmaterial de la Humanidad: el espacio cultural de Kihnu y las celebraciones de los cantos y danzas bálticas (con Letonia y Lituania).