Le Kenya a rejoint l’UNESCO le 7 avril 1964. Le bureau multipays de l’UNESCO (pour le Burundi, l’Erythrée, le Kenya, le Rwanda, la Somalie et l’Ouganda) est situé à Nairobi qui accueille aussi le Bureau régional pour la science en Afrique.
La coopération avec le Kenya s’étend à tous les domaines de compétence de l’UNESCO. Le Kenya participe à EDUSIDA, un projet pilote sur l’éducation et la prévention du VIH et du sida. Dans les sciences sociales, le pays collabore activement aux discussions sur l’éthique dans les sciences et les technologies. Un centre régional de documentation et de recherche sur la bioéthique a été établi à l’université d’Egerton en 2007.
Le Directeur Général, Koïtchiro Matsuura, a effectué une visite officielle au Kenya en 2007, à l’occasion d’une réunion du Comité international de bioéthique.
Le pays est actuellement membre de plusieurs instances de l’UNESCO, tels que le Conseil intergouvernemental du Programme Information pour tous (PIPT), le Conseil intergouvernemental du Programme pour la gestion des transformations sociales (MOST) et le Comité intergouvernemental du Patrimoine mondial.