Le Japon a rejoint l’UNESCO le 12 juillet 1951. Il dépend du bureau de l’UNESCO de Beijing, en Chine. Le pays joue un rôle actif dans le mouvement des Clubs UNESCO ; le premier club a été créé dans la ville de Sendai en 1947.
Directeur Général de l’UNESCO depuis 1999, le Japonais Koïchiro Matsuura a été réélu pour un second mandant en octobre 2005.
Connu sous le nom de « Jardin japonais », le Jardin de la Paix situé au siège de l’UNESCO, a été dessiné par Isamu Noguchi (1904-1998). C’est un don du Japon à l’Organisation.
Le Japon a été le premier instigateur de l’ébauche de la Convention pour la sauvegarde du patrimoine culturel immatériel. Trois expressions artistiques du Japon ont été proclamés Chefs-d’œuvre du Patrimoine oral et immatériel de l’humanité : le théâtre Nôgaku (2001), le théâtre de marionnettes Ningyo Johruri (2003) et le théâtre Kabuki (2005).
Le Centre international sur les risques liés à l’eau et leur gestion (ICHARM), situé à Tsukuba, a été établi en 2005 sous les auspices de l’UNESCO.