La Bosnie-Herzégovine a rejoint l’UNESCO le 2 juin 1993. Le pays est un participant actif dans le processus de renforcement de la coopération dans l’Europe du Sud-Est.
L’UNESCO a lancé une importante campagne internationale pour financer la reconstruction du vieux pont de Mostar (Stari Most), détruit en 1993, et de la vieille ville de Mostar. Reconstruit selon les méthodes du 16e siècle, le pont a été inauguré en 2004 par une cérémonie à laquelle ont assisté plusieurs chefs d’Etats et ministres européens. En juillet 2005, la zone du vieux pont de la ville ancienne de Mostar a été inscrite sur la Liste du patrimoine mondial.
Parmi les activités post-conflit, l’UNESCO a aussi rénové et reconstruit nombre de bâtiments scolaires dans le pays. Les efforts se sont concentrés sur les régions affectées par d’importants mouvements de populations, afin d’encourager les réfugiés à revenir.