Le Burundi a adhéré à l’UNESCO le 16 novembre 1962. Il dépend du bureau de l’UNESCO de Bjumburra.
Le pays a une Chaire UNESCO pour l’éducation de la paix et de la résolution de conflit et deux centres UNEVOC (pour la formation technique et professionnelle).
Les activités principales de l’UNESCO au Burundi portent sur l’éducation, l’alphabétisation, la formation des enseignants et les droits de l’homme. La visite du président Pierre Nkurunziza à l’UNESCO en novembre 2006 a permis de faire avancer davantage la coopération. L’Organisation a salué la décision du Burundi de rendre l’enseignement primaire gratuit.
Le projet « Ecrire l’histoire du Burundi » a été lancé en 1997 avec le soutien de l’UNESCO. Il s’agit là d’un effort pour établir les faits historiques, pour promouvoir la paix et la reconstruction.
Le Burundi participe au Projet pour la survie des grands singes (GRASP), une approche concertée pour faire face à la menace d’extinction imminente.