La Guinée équatoriale a rejoint l’UNESCO le 29 novembre 1979. Le pays dépend du bureau de l’Organisation de Libreville (Gabon).
Le renforcement des capacités dans l’éducation est le principal domaine d’activité de l’UNESCO en Guinée équatoriale. En 2006, le pays a lancé un projet pour la formation des enseignants en sciences. Celui-ci renforce également les compétences du personnel du ministère de l’Education.
Teodoro Obiang Nguema Mbasogo, le président de la Guinée équatoriale, a rendu visite à l’UNESCO en 2007 pendant la Conférence générale. Il a annoncé la création d’un prix UNESCO pour la conservation de la biodiversité.
En juin 2007, l’UNESCO a organisé un séminaire de formation à l’intention des professionnels des médias de l’Agence de presse de la Guinée équatoriale.