Burundi ingresó en la UNESCO el 16 de noviembre de 1962. El país está al amparo de la Oficina de la UNESCO con sede en Bujumbura.
Este país cuenta con una Cátedra UNESCO para la Educación de la Paz y la Resolución de Conflictos y dos Centros UNEVOC (para formación técnica y profesional).
La UNESCO está al frente de la educación, la alfabetización, la formación del profesorado y las actividades relacionadas con los derechos humanos en Burundi. La visita del presidente Pierre Nkurunziza a la UNESCO en noviembre de 2006 afianzó la cooperación entre ambos. La Organización aplaudió la decisión de Burundi de ofrecer educación primaria gratuita.
El proyecto "Escribir la historia de Burundi" se puso en marcha en 1997 con el apoyo de la UNESCO. Se trata de un esfuerzo para establecer los hechos históricos, promover la paz y la reconstrucción.
Burundi participa en el Proyecto para la Supervivencia de los Grandes Simios (GRASP, por sus siglas en inglés), un enfoque concertado para hacer frente a una importante crisis de extinción.