Guinea Ecuatorial ingresó en la UNESCO el 29 de noviembre de 1979. Este país depende de la Oficina de la Organización sita en Libreville (Gabón).
El principal ámbito de acción de la UNESCO en Guinea Ecuatorial lo constituye el desarrollo de capacidades en el sector de la educación. En 2006, este país puso en marcha un proyecto destinado a la formación de los profesores de ciencias. Además, de fomentar el desarrollo de las capacidades del personal del Ministerio de Educación.
Teodoro Obiang Nguema Mbasogo, presidente de Guinea Ecuatorial, visitó la UNESCO en 2007 durante la Conferencia General, y comunicó sus planes para crear un Premio UNESCO para la salvaguardia de la biodiversidad.
En junio de 2007, la UNESCO organizó un seminario de formación para los profesionales de los medios de comunicación ecuatoguineanos.