Kenya ingresó en la UNESCO el 7 de abril de 1964. La Oficina multipaís de la UNESCO (para Burundi, Eritrea, Kenya, Rwanda, Somalia y Uganda) sita en Nairobi, acoge también la Oficina Regional de Ciencias en África.<0}
La cooperación con Kenia abarca todas las esferas de competencia. Kenya participa en EDUSIDA, proyecto piloto de educación preventiva contra el VIH/SIDA. En el ámbito de las ciencias sociales, este país trabaja para que se comprenda mejor la problemática ética vinculada a los adelantos de las ciencias y las tecnologías. En 2007, se creó un Centro Regional de Documentación e Investigación sobre Bioética en la Universidad Egerton.
El Director General, Koichiro Matsuura, realizó una visita oficial a Kenya en 2007 con motivo de la reunión del Comité Internacional de Bioética (CIB).
Además, actualmente Kenya es miembro de varios organismos de la UNESCO, entre ellos el Consejo Intergubernamental del Programa Información para Todos (IFAP), el Consejo Intergubernamental del Programa 'Gestión de las Transformaciones Sociales' (MOST), y el Comité Intergubernamental sobre el Patrimonio Mundial.