Los institutos científicos que forman parte integrante de la UNESCO (llamados de Categoría I) incluyen el Instituto para la Educación relativa al Agua (UNESCO-IHE) de Delft, en los Países Bajos, y el Centro Internacional Abdus Salam de Física Teórica (ICTP) de Trieste, Italia.
Aunque actúan con cierta autonomía, los programas de estos institutos son parte integrante del programa del sector de las ciencias exactas y naturales de la UNESCO. Estos institutos construyen la capacidad científica de los Estados Miembros, esencialmente en los países en desarrollo.
En el marco de su mandato, el Instituto de Estadística de la UNESCO (IEU) recoge y difunde las estadísticas de las ciencias a través del sistema de las Naciones Unidas y de otras organizaciones clave y publica un estudio bienal que reúne datos de más de 200 países y territorios. Estas estadísticas científicas se utilizan en particular para elaborar el Informe de ciencias de la UNESCO.
La llamada categoría II comprende los institutos y centros bajo la égida de la UNESCO que no forman legalmente parte de la Organización pero que están asociados a ella mediante acuerdos formales aprobados por la Conferencia General. Contribuyen a la ejecución del programa de la UNESCO para el refuerzo de las capacidades, el intercambio de la información en una disciplina particular, la investigación teórica y experimental y la formación avanzada.