Le Lesotho a adhéré à l’UNESCO le 29 septembre 1967. Le pays dépend du bureau régional situé à Windhoek, en Namibie.
Le Lesotho participe activement à EDUSIDA. Un projet intitulé « Renforcement des capacités du secteur éducatif du Lesotho pour une réponse globale au défi du HIV et du sida » est en cours.
Une Chaire UNESCO en gestion de l’eau a été créée en 1997 à l’université nationale du Lesotho.
Le Lesotho participe au Programme de gestion et de développement intégré et durable des régions arides et semi-arides de l’Afrique australe (SIMDAS).