La Mongolie a rejoint l’UNESCO le 1er novembre 1962. Le pays dépend du bureau de l’UNESCO de Beijing.
La création de l’Institut international pour l’étude des civilisations nomades (IIECN) à Ulaanbaatar marque la collaboration réussie entre l’UNESCO et la Mongolie. Fondé en 1998 dans le cadre du projet de la Route de la soie, l’IIECN et sa promotion des échanges culturels ont abouti à la création en 2001 du New Civilization Collège. Il a actuellement quatre programmes de licences et environ 120 étudiants.
L’UNESCO a aussi contribué à la préservation et à la gestion de la vallée de l’Orkhon, ajoutée à la Liste du patrimoine mondial en 2004. Ce site comprend l’ancienne capitale de la Mongolie, Karakorum (13e et 14e siècles). Il est également connu pour son festival annuel de Naadam, un événement historiquement important en Asie centrale.
Il y a actuellement six réserves de biosphère en Mongolie. Le pays est impliqué dans plusieurs projets relatifs aux sciences de la terre, aux écosystèmes montagneux et à la Gestion intégrée des ressources en eau.