a) Détérioration et destruction du tissu du bien par des facteurs environnementaux, défaut d’entretien ainsi que pollution des eaux;
b) Erosion;
c) Absence de politique de gestion, y compris de plan de gestion;
d) Développement urbain incontrôlé;
e) Pressions touristiques (en particulier à Portobelo).
Une information officielle a été reçue le 29 avril 2008 par le Centre du patrimoine mondial. Le rapport comprend un résumé de l’histoire du site, mais ne mentionne pas son état de conservation. Aucune information concernant l’impact des nouvelles infrastructures du Canal de Panamá n’a été soumise. Les rapports précédents sur l’état de conservation ont indiqué le besoin urgent de développer des plans de gestion, incluant les évaluations précises de toutes les mesures affectant les sites inscrits, ainsi que les mesures afin d’y remédier à court, moyen et long terme. Parmi celles-ci, il faut citer :
San Lorenzo:
a) La route menant au château est en mauvais état, ce qui rend l'accès difficile, particulièrement pendant la saison des pluies;
b) Absence de parking;
c) Absence de toilettes, d’électricité et d’eau potable;
d) Mauvais entretien de l'environnement aux alentours;
e) Signalisation, brochure et documentation inexistantes;
f) Absence de structure susceptible d'accueillir des touristes, et de centre d'accueil;
g) Dégâts sur la jetée, au pied de la forteresse, très visibles;
h) Absence d’accès sécurisé à la cour du château.
Portobelo:
a) Habitations illégales à l'immédiate proximité des fortifications;
b) Absence de mise en œuvre des réglementations concernant la conservation sur la culture et l'environnement par les autorités locales;
c) Absence d'offre de logement de remplacement pour les familles qui ont construit leur maison sur les fortifications;
d) Absence de structure d'accueil des touristes, d'hôtels et de jetée;
e) Le système d'égouts du village ne fonctionne pas correctement et la fourniture en eau n'est pas suffisante;
f) Pollution, résultant de l'absence de traitement des eaux usées, terrestre, dans les zones urbaines et archéologiques, et marine;
g) Absence de système de collecte des eaux pluviales;
h) Absence d'interventions dans les domaines de la conservation et de la restauration sur les monuments;
i) Absence de mise en œuvre du plan territorial.
Le rapport de 2007 mentionne que l’Institut national de culture travaille sur le développement de la préservation et des travaux de récupération au Patronato de San Lorenzo, par l’intermédiaire d’un bureau technique à Portobelo afin de renforcer la relation directe entre les différents niveaux du gouvernement. Le rapport envoyé par l’Etat partie indique cette possibilité. Cependant, il n’apparaît pas clairement si le Patronato a déjà été créé ou bien s’il est dans le processus d’être consolidé. Un règlement pour cette opération a également été inclus, mais il n’est pas clairement indiqué s’il a déjà été approuvé ou bien s’il est en cours de révision. Une liste d’activités sur 5 ans pour le Patronato a été attachée, mais il n’est pas spécifié quand les activités vont démarrer et combien d’interventions seront entreprises.