Lesotho ingresó en la UNESCO el 29 de septiembre de 1967. Este país depende de la Oficina subregional de la UNESCO sita en Windhoek (Namibia).
Lesotho participa activamente en EDUSIDA. En la actualidad, se está llevando a cabo un proyecto titulado “Fortalecimiento de las capacidades del sector educativo de Lesotho para dar una respuesta global a la pandemia del VIH/SIDA“.
Además, este país cuenta con una Cátedra UNESCO en Gestión del Agua, establecida desde 1997 en la Universidad Nacional de Lesotho.
Lesotho interviene en el Programa de Gestión integrada y desarrollo sostenibles de las regiones áridas y semiáridas del África Meridional (SIMDAS).