Madagascar ingresó en la UNESCO el 10 de noviembre de 1960 y depende de la Oficina de la UNESCO sita en Dar es Salaam (Tanzania).
La UNESCO y Madagascar trabajan conjuntamente en el programa nacional Educación para Todos, en el que se pone énfasis en la alfabetización y la educación no formal. Además, Madagascar participa en la Iniciativa para la Formación de Docentes en el África Subsahariana (TTISSA).
Por otra parte, este país coopera estrechamente con la UNESCO para preservar su patrimonio natural y cultural. Madagascar ostenta tres sitios inscritos en la Lista del Patrimonio Mundial. La última incorporación data de 2007: los bosques lluviosos de Atsinanana, que destacan por su rica biodiversidad.
El trabajo de la madera de la comunidad de los zafimaniry fue proclamado Obra Maestra del Patrimonio Oral e Inmaterial de la Humanidad en el año 2003. En 2007, algunos funcionarios nacionales asistieron a un taller en Antananarivo para realizar el inventario del patrimonio inmaterial en Madagascar.