Indonesia es Miembro de la UNESCO desde el 27 de mayo de 1950. La Oficina de la UNESCO situada en Yakarta es una oficina multipaís que funciona también como Oficina Regional para la Ciencia.
La Campaña Internacional para la Salvaguardia de Borobudur ejemplifica la satisfactoria colaboración entre Indonesia y la UNESCO. El ambicioso proyecto que se llevó a cabo entre 1972 y 1983 logró la restauración del Santuario de Borobudur, perteneciente a los siglos VIII-IX. Este santuario contiene un monumento budista Mahayana que posee la forma piramidal de un mandala. En el 1991, se inscribió el sitio de Borobudur en la Lista del Patrimonio Mundial. Desde entonces, se han agregado seis propiedades más. Además, el teatro de marionetas wayang y el Kris indonesio fueron proclamadas Obras Maestras del Patrimonio Oral e Inmaterial.
Por otro lado, una cooperación reciente con la UNESCO ha permitido reconstruir algunas emisoras de radio en Aceh y el relanzamiento de Radio Nikoya, destruida por completo durante el tsunami del que fue víctima en el 2004. Así mismo, la UNESCO ha dado su apoyo en la reconstrucción de la Biblioteca de Aceh y ha abierto un centro cultural y de comunicación.
En julio de 2007, en el marco del Programa de la UNESCO para la Salvaguardia y la reconstrucción del patrimonio cultural material e inmaterial en el Aceh post-tsunami, se editaron seis libros infantiles basados en el folklore achenés.