Panamá es Estado Miembro de la UNESCO desde el 10 de enero de 1950. El país depende de la Oficina de la UNESCO con sede en San José (Costa Rica).
En mayo de 2003, Panamá, que cuenta con el canal interoceánico más importante del mundo y un patrimonio subacuático muy valioso, fue el primer país que ratificó la Convención de la UNESCO sobre la Protección del Patrimonio Cultural Subacuático.
Como reconocimiento a una estrategia de colaboración con Panamá, que permitió la realización de importantes programas nacionales y proyectos, en julio de 2004, la Delegación Permanente de Panamá otorgó la Orden Vasco Núñez de Balboa al Director General de la UNESCO, Koichiro Matsuura. Esta condecoración es la máxima distinción que el gobierno panameño concede a personalidades extranjeras
Además, el Centro del Agua del Trópico Húmedo para América Latina y el Caribe (CATHALAC), que fomenta la gestión adecuada de los recursos hídricos, tiene su sede en Ciudad de Panamá y funciona bajo los auspicios de la UNESCO.
El Director General de la UNESCO, Koichiro Matsuura, visitó Panamá en marzo de 2004;