En septiembre de 1994 la UNESCO creó el Comité Científico Internacional del Proyecto La Ruta del Esclavo (Resolución 27 C/3.13 de la Conferencia General).

Se trata de un órgano consultivo cuya función consiste en asesorar a la UNESCO sobre la ejecución del proyecto, en particular en lo que respecta a la elaboración de programas educativos y materiales didácticos, la investigación sobre los distintos aspectos de la cuestión de la trata de negros y la esclavitud, y la creación de nuevas alianzas para promover sus objetivos.

El Comité, que en un principio estaba integrado por unos 40 miembros, se reestructuró en raíz de las recomendaciones de una evaluación externa. Se definieron nuevos Estatutos para mejorar su funcionamiento.

En la actualidad está compuesto por 20 miembros designados por el Director General que no sólo pertenecen a distintas disciplinas (como la historia, la antropología, la arqueología, la sociología y el derecho), sino que además representan a las diferentes regiones del mundo (África, América, el Caribe, Europa, el Océano Índico, el mundo árabe y Asia.