Le Département Afrique assure la liaison avec les États membres de la région Afrique. La plupart des États membres ont établi des Délégations permanentes auprès de l'UNESCO lesquelles, dirigées par des Ambassadeurs, assurent la liaison entre l'Organisation et leurs gouvernement.

Tous les États membres de la région Afrique ont établi une Commission nationale pour l'UNESCO . Les Commissions nationales pour l'UNESCO sont des organes de coopération établis par les Etats membres, et qui ont pour objectif de coordonner les activités gouvernementales et non gouvernementales entreprises en relation avec l'UNESCO.

Les relations avec des États membres sont également assurées par les Directeurs et les Chefs des Bureaux régionaux, multipays et nationaux de l'UNESCO.

Avec pour mission de contribuer à la paix et le développement humain à l'ère de la mondialisation, l'UNESCO a établi des liens avec d'autres partenaires qui participent activement à l'action de l'UNESCO en Afrique.