Второе, обновлённое, издание Атласа было выпущено в 2001 году также под редакцией Стивена Уэрма. Эта версия насчитывала 90 страниц, в том числе 14 листов с картами и включала описание 800 языков. В этом переиздании нашёл отражение тот факт, что с 1996 года расширились исследования в области языков, находящихся под угрозой исчезновения и повысился интерес к этой сфере. Это издание вновь привлекло к себе пристальное внимание учёных, работников средств массовой информации и общественности.

В 2005 году ЮНЕСКО опубликовала интерактивную он-лайн версию Атласа,  куда была включена информация о ста африканских языках, находящихся под угрозой исчезновения, указанных в печатном варианте Атласа 2001 года. Этот интерактивный Атлас представлял собой тестовый вариант для полной он-лайн версии, законченной в 2009 году.