联合国秘书处、各机构、基金和方案，以及各附属组织通过各自的具体职责范围及其反恐执行工作队成员身份为《战略》的执行做出贡献。
反恐执行工作队由38个国际实体和国际刑警组织组成，其首要目标是，通过“一体行动”充分发挥各个实体的比较优势，帮助各会员国执行《联合国全球反恐战略》的四大支柱。
反恐执行工作队机构间工作组于2014年恢复，以提高其效率并专注于获取有意义的成果。各工作组所致力的专题反映了《联合国全球反恐战略》的关键反恐优先领域。工作组在联合国系统行动者之间的合作能够为执行《战略》带来附加值的领域制定了最佳做法和能力建设项目。
目前共设立了11个专题工作组：