La OIE está regida por un Consejo integrado por los representantes de 12 Estados miembros elegidos por la Conferencia General de la UNESCO. El Consejo elige a su Mesa integrada por un Presidente y 5 Vicepresidentes que representan a los 6 grupos regionales de la UNESCO. El Presidente del Consejo preside la Mesa. El Consejo reelige a su Mesa en el curso de la primera sesión que sigue la sesión ordinaria de la Conferencia General durante la cual se ha procedido a la reelección parcial del Consejo. Los miembros de la Mesa del Consejo pueden ser reelegidos, siempre que el mandato de los Estados Miembros que representan haya sido renovado por la Conferencia General. Sin embargo, no pueden ejercer su mandato por más de dos veces consecutivas. La Mesa del Consejo ejerce sus funciones hasta la elección de una nueva Mesa.
El Consejo se reúne en réunión ordinaria al meno una vez cada año. Puede reunirse en reunión extraordinaria si convocada por el Director General de la UNESCO o a petición de la mayoría de sus miembros.
