Dans le but d'évaluer l'état du bien et d'identifier des priorités pour les projets à venir, le gouvernement japonais, à l'invitation de l'Etat partie, a mandaté une mission exploratoire en août 2002, composée d'experts japonais et internationaux ainsi que de représentants de l'UNESCO et des autorités boliviennes. Une mission destinée à préparer le projet de document du fonds japonais en dépôt s'est déroulée en novembre 2007, le Centre du patrimoine mondial et des experts nationaux et internationaux y ont pris part.
Cette dernière mission a signalé que la mise à jour des plans de gestion et de conservation était urgente afin de garantir une conservation appropriée du bien. En raison de capacités restreintes, la conservation et les recherches archéologiques ne sont pas toujours menées dans le respect des normes internationales. Il y a un besoin manifeste d'établir une réglementation pour la conservation et la sauvegarde du principal ensemble archéologique et du musée du site. La construction de nouveaux laboratoires et d'équipements destinés aux archéologues est actuellement en cours.
La mission a aussi mis en évidence que les communautés tiwanaku sont conscientes de la valeur du bien et très intéressées par une collaboration à sa conservation et à sa sauvegarde. Tous projets et décisions concernant l'exploration et la conservation du bien sont pris en étroite collaboration avec le Comité Interinstitucional para la Gestión de Tiwanaku (CIACSAT), un ensemble regroupant sept organisations impliquées dans le travail sur le bien et liées à Tiwanaku, tant aux niveaux national, régional que local. L'organisation comprend: le Vice-ministre de la culture, le Vice-ministre du tourisme, la Préfecture de La Paz, la Municipalité de Tiwanaku, la Central Agraria(une association agronomique), la Junta de vecinos (une association d'habitants de la ville de Tiwanaku) et le service technique du Département national d'archéologie (UNAR). Les communautés indigènes sont également représentées.
La mission de 2002 a identifié le besoin de création d'une zone tampon. Peu de progrès ont été accomplis dans ce sens en raison de problèmes d'occupation antérieure des sols. A ce jour, le Gouvernement bolivien est propriétaire des 71 hectares du bien mais la zone archéologique globale s'étend sur environ 600 hectares.
Le développement et la croissance de la ville de Tiwanaku, située à coté du bien, n'ont été ni suivis ni réglementés quant à leur impact sur la valeur universelle exceptionnelle du bien. La Municipalité a expliqué qu'un relevé topographique cadastral et qu'un projet de plan d'occupation des sols sont en cours, cependant aucune explication quant à son contenu ni aucune définition de politique environnementale n'ont été fournies. Il est urgent qu'une coordination plus grande entre le Vice-ministre, l'UNAR et des institutions telles que les universités et les centres de recherche soit établie afin d'identifier des mécanismes d'intervention adaptés et conformes aux normes internationales.
En mars 2008, un budget total de 870.000 dollars EU (JFIT Fonds en dépôt japonais) a été accordé à un projet triennal de "Sauvegarde et de conservation de Tiwanaku et de la pyramide Akapana" comprenant les actions suivantes:
a) Mettre à jour et mettre en œuvre des plans de gestion et de conservation, y compris pour l'ensemble archéologique de Tiwanaku;
b) Promouvoir un soutien plus efficace et une participation coordonnée des communautés locales;
c) Développer une méthodologie de conservation des zones creusées et en plein air;
d) Décrire et conserver les matériaux excavés, en publier les résultats d'observation;
e) Gérer le musée de façon appropriée;
f) Former le personnel et les membres des communautés locales aux techniques de fouille;
g) Renforcer le développement durable dans les communautés locales;
h) Favoriser la compréhension et encourager la prise de conscience par les habitants de la valeur universelle exceptionnelle du bien;
i) Développer des capacités au niveau national dans le domaine de la conservation du patrimoine culturel.