Совещание государств-участников и научно-технический Консультативный орган сотрудничают с аккредитованными неправительственными организациями (НПО), деятельность которых связана со сферой применения Конвенции.

Это сотрудничество имеет важнейшее значение, так как НПО работают непосредственно на местах и с национальными органами по всему миру. Они обладают бесценным опытом в области подводной археологии, и могут напрямую способствовать развитию подводной археологии на национальном, региональном и международном уровне. НПО также способствуют активному распространению этических принципов и руководящих принципов Конвенции 2001 года.

Совещание государств-участников аккредитовало следующие НПО: