Le Conseil d’administration se composait de représentants d’Etats membres, élus par l’Assemblée générale. Il se réunissat tous les 6 mois. Il était responsable de l’exécution du programme décidé par l’Assemblée générale, que ce soit les aspects financiers et opérationnels.

Le Conseil d'administration invoqua, notamment à partir des années 1980, différents comités consultatifs, fonctionnant comme des organes subsidiaires de celui-ci : un comité consultatif des programmes et des bugets, un comité consultatif scientifique, également un comité de reflexion sur la situation et les perspectives à venir de l'IBI.

Le Conseil d'administration de l'IBI tint 57 sessions ordinaires et 4 sessions extraordinaires.