Du 25 au 29 août 2003, de fortes pluies torrentielles se sont abattues sans interruption sur la ville de Tombouctou. Selon un rapport détaillé du Ministère de la culture du Mali, reçu par le Centre le 24 septembre 2003, de nombreux quartiers de la ville ont été touchés par les dégâts. Parmi ceux-ci se trouvait la Médina qui abrite les trois mosquées de Djingareyber, Sankoré et Sidi Yahia, ainsi que les 16 mausolées inscrits sur la Liste du patrimoine mondial en péril.
Tombouctou a également accueilli, du 19 au 25 janvier 2004, un séminaire sur les plans de gestion des sites du patrimoine mondial au Mali et sur la réhabilitation de l’architecture de terre de Tombouctou. Ce séminaire a été financé dans le cadre de l’accord de coopération entre l’UNESCO et le Ministère des Affaires Etrangères d’Italie. A l’issue du séminaire, les participants ont reconnu la nécessité pour les sites maliens de se doter, très rapidement d’un plan de gestion et de conservation. Les participants ont également sollicité l’UNESCO et le Ministère des Affaires Etrangères de l’Italie, pour initier un projet de réhabilitation et de revitalisation de l’architecture de terre de Tombouctou.
La mission UNESCO présente au séminaire de janvier 2004 a eu l’opportunité de visiter tous les quartiers de la ville de Tombouctou, qui avaient été touchés par les inondations. A l’issue des différentes visites effectuées, la mission a pu faire les constations suivantes qui confirmaient le rapport fourni par le Ministère de la Culture, concernant la ville ancienne :
a) De tous les quartiers touchés par les pluies torrentielles, Djingareyber, Sankoré et Hamabangou ont été les plus affectés ;
b) Plus de 50 maisons d’habitation se sont écroulées dans les quartiers de Sankoré et Djingareyber (quartier abritant deux des mosquées inscrites au patrimoine mondial), laissant sans abris près d’une centaine de personnes ;
c) Les eaux stagnantes ont bouché toutes les canalisations qui alimentaient les bornes fontaines en eau potable de plusieurs quartiers. Dans le quartier Sankoré, la borne fontaine située à l’emplacement de l’ancienne mare a cessé de fonctionner après les inondations, laissant les habitants de ce quartier dans une situation d’hygiène catastrophique ;
d) Quelques maisons d’explorateurs ayant séjourné à Tombouctou ont été abîmées par les pluies et nécessitent aujourd’hui d’être restaurées ;
e) Les 16 mausolées qui ont été inventoriés par les consultants italiens lors du séminaire sont également dégradés.
Afin d’entreprendre des mesures d’urgence sur le bien et sa zone tampon, une demande d’assistance d’urgence a été soumise au Centre du patrimoine mondial en janvier 2004 par l’Etat partie. Cette demande, d’un montant de 50 000 dollars EU, prévoit la réalisation des activités suivantes :
a) Réfection des mosquées de Djingareyber, Sankoré et Sidi Yahia ;
b) Réfection des mausolées de la ville ancienne ;
c) Déblayage des maisons effondrées à Sankoré et à Djingareyber ;
d) Reconstruction d’une pièce d’habitation dans chaque parcelle de maison, qui aura été déblayée, afin de permettre le retour progressif des sinistrés ;
e) Réparation de la borne fontaine de la place de l’ancienne mare de Sankoré.
Afin de garantir la mise en œuvre de ces activités de restauration, en conformité avec la nécessité de ne pas affecter les valeurs universelles du site, ICOMOS a insisté sur la nécessité d’élaborer une stratégie globale sous forme de plan de gestion et de conservation, qui prenne en compte les besoins de restauration à court-terme ainsi que les mesures à long terme qui permettront d’éviter que de telles inondations se produisent à l’avenir. L’assistance d’urgence a été approuvée par le Président du Comité le 07 avril 2004.