La Oficina de la UNESCO en Quito fue establecida el 6 de junio de 1983. En esa época, desempeñó el papel de Oficina Regional de Comunicación para América Latina. Independientemente, existía una oficina de representación de la UNESCO para Ecuador y Colombia.
En el año 1992, estas dos oficinas se unieron en una sola bajo el nombre de Oficina Regional de Comunicación para América Latina y Representación para Ecuador y Colombia. Entre los años 1998 y 2001, la oficina volvió a ser meramente Oficina de Representación de la UNESCO para Ecuador y Colombia. La Oficina Regional de Comunicación para América Latina en cambio fue trasladada a Panamá.
En 2001, la Oficina Regional de Comunicación para América latina volvió a funcionar en Quito.