En los últimos años la Oficina de Montevideo ha visto considerablemente incrementadas sus funciones y responsabilidades tanto sectoriales como geográficas.

En primer lugar continúa siendo la Oficina Regional de Ciencias de la UNESCO para América Latina y el Caribe. Hace más de sesenta años trabaja en el fortalecimiento de las políticas científico tecnológicas y de innovación y asegura la cooperación internacional en las diferentes ciencias ambientales (recursos hídricos, ecología, ciencias de la tierra, oceanografía), ciencias básicas, ingeniería y política científica. Desde hace algunos años cuenta además con un Programa Regional de Bioética y Ética de la Ciencia. Es también Sede del Consejero Regional de Ciencias Sociales y Humanas para la región. 

En segundo lugar, es la Oficina de la UNESCO para el MERCOSUR (Argentina, Brasil, Paraguay y Uruguay) y Chile. A tal respecto, la Oficina debe planificar, ejecutar y/o coordinar la acción de la Organización en esos países y para la subregión en su conjunto como MERCOSUR, en todos los sectores y ámbitos de competencia de la UNESCO, en estrecha cooperación con las Oficinas existentes en Brasilia y Santiago de Chile, así como también con el Instituto Internacional para la Planificación de la Educación (IIPE) de Buenos Aires.   Tiene también a su cargo la Representación y colaboración de la UNESCO con la Secretaría del MERCOSUR con sede en Montevideo y sus instancias pertinentes.

En tercer lugar, como Oficina de la UNESCO en Montevideo asume las funciones de oficina nacional (representación, planificación y ejecución del programa) para Argentina, Paraguay y Uruguay.

Desde 2007 la Oficina forma parte del proceso de reforma de las Naciones Unidas en lo que se ha denominado Una ONU, al ser Uruguay uno de los ocho países piloto que enfrentan este desafío de realizar programas conjuntamente con las demás Agencias del Sistema de las Naciones Unidas persiguiendo una mayor integración y eficiencia de la cooperación.