Otro de los pilares del programa son los Centros sobre recursos hídricos auspiciados por la UNESCO, denominados Categoría II y las Cátedras UNESCO en temáticas específicas relacionadas con los recursos hídricos en el ámbito universitario.

Los centros sobre recursos hídricos bajo los auspicios de la UNESCO trabajan en prioridades temáticas y geográficas pertinentes en sus ámbitos de especialización, en América Latina y el Caribe. Estos son:

• CAZALAC (Chile) - Centro del Agua para Zonas Áridas y Semiáridas de América Latina y el Caribe.
• CIH (Brasil-Paraguay) - Centro Internacional de Hidroinformática.
• CEHICA (República Dominicana) - Centro para la Gestión Sostenible de los Recursos Hídricos en los Estados Insulares del Caribe.
• CeReGAS (Uruguay)- Centro Regional para la Gestión de Aguas Subterráneas.
• CERSHI (México)- Centro Regional de Seguridad Hídrica.