Le Conseil élit son bureau qui consiste d'un président et 5 vice-présidents, ressortissants des 6 groupes régionaux de l'UNESCO. Le président du Conseil préside le bureau. Le Conseil renouvelle son bureau lors de sa première session qui suit la session ordinaire de la Conférence générale ayant procédé au renouvellement partiel dudit Conseil. Les membres du bureau sont rééligibles, sous réserve que le mandat des Etats membres du Conseil qu'ils représentent soit renouvelé par la Conférence générale. Cependant, ils ne peuvent exercer plus de deux mandats consécutifs. Le bureau reste en fonction jusqu'à l'élection d'un nouveau bureau.
Le Conseil se réunit en session ordinaire au moins une fois chaque année. Il peut se réunir en session extraordinaire, si convoqué par le Directeur général de l'UNESCO ou à la demande de la majorité de ses membres.