La misión esencial del Instituto es coadyuvar al desarrollo de los sistemas nacionales de educación superior de los Estados miembros y de sus instituciones, contribuyendo a garantizar su pertinencia, calidad, eficiencia y equidad, promoviendo la cooperación regional e internacional y la participación de todos los actores involucrados.

Visión
Convertirse en una institución de referencia internacional para la promoción de la educación superior como un bien público y como un derecho universal, en el marco del sistema de valores de las Naciones Unidas.

Objetivos
Los objetivos del IESALC son los siguientes:

• Promover el derecho a una educación superior de calidad, relevante, inclusiva y con equidad para todas las personas por medio de la sensibilización de los actores y de la opinión pública en general.
• Producir y diseminar estudios sobre la educación superior, particularmente desde una perspectiva comparativa, basados en evidencias y destinados a informar los procesos de decisión en materia de políticas públicas gubernamentales e institucionales.
• Contribuir, por medio de programas de formación y en coordinación con las Cátedras UNESCO, al desarrollo de las capacidades para el análisis y desarrollo de mejores políticas públicas e institucionales tanto entre los decisores políticos, gubernamentales e institucionales, como entre los analistas e investigadores sobre educación superior.
• Apoyar a gobiernos, organizaciones, redes e instituciones para la formulación de políticas públicas, planes de reforma y de mejora, y su puesta en práctica por medio de asesorías o de intervención directa como agencia.