El Instituto es administrado por un Consejo de Gobierno compuesto en la actualidad por nueve miembros:
Paulo Falcón (Argentina) – Ex Director Nacional de Gestión Universitaria.
Andrew Augustine (Grenada) – Funcionario del Ministerio de Educación.
Alfonso Fuentes Soria (Guatemala) – Ex Rector de la Universidad de San Carlos.
Rutilia Calderón (Honduras) – Ex Ministra de Educación.
Dixton Montgomery Findlay (San Vicente y Las Granadinas) – Sub-Director de Educación / Ministro de Educación.
Francis del Carmen Arquinzones Lugo (Venezuela) – Ex Viceministra de Educación Superior.
Aldo Nelson Bona (Brasil) – Ex Rector Universidade Estadual do Centro-Oeste / ABRUEM.
María Altagracia López Ferreiras (República Dominicana) – Vicerrectora Académica Instituto Tecnológico de Sto. Domingo / Asociación Dominicana de Rectores de Universidades.
Olda María Cano de Arraúz (Panamá) – Vicerrectora de la Universidad Autónoma de Chiriquí / Consejo de Rectores de Panamá.