Además de los Ministros quienes, como les corresponde, tienen el papel más activo durante la CIE, también investigadores, especialistas, docentes y representantes de las organizaciones no gubernamentales y intergubernamentales participan activamente en los debates. Los temas de la CIE son aprobados por la Conferencia General de la UNESCO sobre la base de las propuestas del Consejo de la OIE.
Además de las sesione regulares de la Conferencia (sesiones plenarias, grandes debates, etc.), se organizan también mesas redondas, reuniones sobre temas específicos y exposiciones especiales. Antes de la Conferencia, los ministros (y en 2004 los jóvenes) están invitados a enviar un “mensaje” en relación al tema que será discutido a lo largo de la CIE.
Para cada reunión de la CIE los Estados Miembros presentan un Informe Nacional sobre el Desarrollo de la Educación. Durante la Conferencia tiene igualmente lugar de ceremonia de entrega de la Medalla Comenius a personalidades o instituciones destacadas en el ámbito de la investigación y de la innovación educativa.