A côtés des ministres d'éducation qui jouent le rôle le plus actif pendant la CIE, d'autres partenaires participent également activement au dialogue : chercheurs, praticiens, représentants des organisations non gouvernementales et intergouvernementales. Les thèmes de la CIE sont approuvés par la Conférence générale de l'UNESCO sur proposition du Conseil du BIE.
À côté des réunions régulières de la CIE (session plénière, discussions principales, etc.), des tables rondes, des conférences ou séminaires et des expositions spéciales sont organisées. Avant la Conférence, les ministres (et, en 2004 les jeunes) sont invités à envoyer un « message » sur le thème à debattre. Pour chaque session de la CIE les Etats Membres présentent un Rapport national sur le développement de l'éducation.
Lors de la Conférence a également lieu la cérémonie de remise de la Médaille Comenius aux personnalités ou établissements exceptionnels dans le domaine de la recherche et de l’innovation éducative.